FIT ist durch die gemeinsame Leitung mit dem Lehrstuhl für Informatik V (Informationssysteme) der RWTH Aachen eng verbunden. Neben dem Lehrstuhlinhaber Prof. Dr. Matthias Jarke haben auch drei Wissenschaftler aus FIT am Lehrstuhl Professuren für Kooperationssysteme (Prof. Wolfgang Prinz, PhD), Informatik in den Lebenswissenschaften (Prof. Dr. Thomas Berlage) und Medieninformatik / Medienprozesse (Prof. Dr. Thomas Rose) inne.

Der Lehrstuhl für Informatik 5 (Informationssysteme) befasst sich mit der formalen Analyse, prototypischen Entwicklung und praktischen Erprobung von Meta-Informationssystemen. Konkrete Themengebiete sind internetbasierte Informationssysteme, Electronic Commerce, Metadatenbank-Technologie, Informationssysteme in der Verfahrenstechnik, prozessintegrierte Informationssysteme sowie Kulturinformatik.

Eine zentrale Komponente der Hochschulanbindung ist die Beteiligung am Bonn-Aachen International Center for Information Technology (B-IT) . Das B-IT wurde 2003 als Joint Venture der RWTH Aachen, der in Schloss Birlinghoven ansässigen Fraunhofer-Institute, der Universität Bonn und der Fachhochschule Bonn Rhein-Sieg gegründet. Fraunhofer FIT unterstützt das B-IT bei der Durchführung seiner auf internationalen Spitzennachwuchs abzielenden englischsprachigen Master-Studiengänge in den Bereichen Life Science Informatics und Media Informatics. Prof. Jarke ist auch Koordinator der Doktorandenschule B-IT Research School.

Durch seinen Mitarbeiter Prof. Volker Wulf, der auch den Lehrstuhl für Wirtschaftsinformatik und Neue Medien der Universität Siegen leitet, besteht eine strategische Kooperation mit der Universität Siegen. Die Zusammenarbeit ist durch einen Kooperationsvertrag rechtlich unterfüttert.

Durch wegberufene Mitarbeiter bzw. Honorarprofessuren hat FIT auch Verbindungen zu den Universitäten Duisburg-Essen, Hamm-Lippstadt, Koblenz, Ilmenau, Weimar und Heerlen (Niederlande).