FIT ist durch die gemeinsame Leitung mit dem Lehrstuhl für Informatik 5 (Informationssysteme) der RWTH Aachen eng verbunden. Neben den Lehrstuhlinhabern Prof. Matthias Jarke und (seit September 2015) Prof. Dr. Stefan Decker haben auch drei Wissenschaftler aus FIT am Lehrstuhl Professuren für Kooperationssysteme (Wolfgang Prinz), Informatik in den Lebenswissenschaften (Thomas Berlage) und Medieninformatik / Medienprozesse (Thomas Rose) inne. Der Lehrstuhl befasst sich mit der Entwicklung und praktischen Erprobung von Datenräumen und Datenmanagementsystemen, insbesondere basierend auf Wissensgraphen und KI-Verfahren, und deren Anwendungen, zum Beispiel in den Wissenschaften, der Medizin, Kultur und Mobilität.
Eine zentrale Komponente der Hochschulanbindung ist die Beteiligung am Bonn-Aachen International Center for Information Technology (b-it). Das b-it wurde 2003 als Joint Venture der RWTH Aachen, der in Schloss Birlinghoven ansässigen Fraunhofer-Institute, der Universität Bonn und der Hochschule Bonn Rhein-Sieg gegründet. Fraunhofer FIT unterstützt das B-IT bei der Durchführung seiner auf internationalen Spitzennachwuchs abzielenden englischsprachigen Master-Studiengänge in den Bereichen Life Science Informatics und Media Informatics.
Das Fraunhofer FIT hat seinen Hauptstandort in Sankt Augustin und Aachen. Eingebunden sind außerdem Außenstellen und Projektgruppen an der Universität Bayreuth (Prof. Dr. Maximilian Röglinger) und der Hochschule Augsburg (Prof. Dr. Björn Häckel), der Universität Siegen (Prof. Dr. Volker Wulf, stv. Sprecher des SFB »Medien der Kooperation«), der Universität Münster (Prof. Dr. Thomas Hoeren, Rechtsinformatik) und der Hochschule Hamm-Lippstadt (Prof. Dr. Harald Mathis).
Durch wegberufene Mitarbeiter bzw. Honorarprofessuren hat FIT zudem Verbindungen zu den Universitäten Bamberg, Duisburg-Essen, Koblenz, Ilmenau, Heerlen (Niederlande) und zahlreichen Fachhochschulen der Region.